Software LG G5 SE sudah menggunakan sistem operasi Android Marshmallow 6.0.1 dengan antarmuka LG Optimus UX 5.0. Smartphone ini juga telah mendukung instruksi 32-bit. Seluruh tampilan antarmuka sederhana dengan adanya tiga soft button khas OS Android 6.0 yang lantas bisa diubah-ubah penempatannya. Pada home screen LG pun menawarkan segelintir aplikasi bawaan, diantaranya LG Health, Quick Memo+, hingga LG Friends Manager. Pada ponsel juga memiliki fitur-fitur menarik, termasuk dengan membawa serta berbagai fitur kunci dari LG G5. Sebut saja, fitur sistem keamanan menggunakan sidik jari, Always on Dipslay, Ringtone ID, Shortcut keys, sampai dengan Smart settings. Fitur sidik jari punya manfaat utama, yakni untuk memproteksi LG G5 SE Anda. Ketika mencobanya, fitur ini bisa untuk membuka tutup kunci layar atau berbagai konten atau aplikasi-aplikasi didalam ponsel, tak terkecuali galeri foto dan QuickMemo+. Proses pengaktifannya pun terbilang mudah, pertama-tama jika Anda ingin memfungsikannya sebagai pengunci layar maka ponsel juga mempersilahkan kami untuk beri pilihan sistem keamanan lain seperti Knock Code, Pattern dan sebagainya sebelum akhirnya memasukkan pola sidik jari. Ponsel memungkinkan pengguna masukkan hingga sebanyak lima pola sidik jari. G5 SE kini dilengkapi fitur khas LG, Always on Display. Fitur ini nantinya akan memunculkan notifikasi semisal jam, pesan teks, maupun email yang masuk meski layar dalam keadaan mati. Sedangkan fitur Ringtone ID memungkinkan ponsel membuat nada dering unik untuk masing-masing nomor kontak yang diinginkan. Fitur ini dapat ditemukan di menu Settinggs lalu menuju ke pilihan Sound & notifications. Lalu kemampuan Shortcut Keys, ada pada menu Settings > General. Jika toggle diaktifkan Anda bisa menyalakan kemampuan untuk mempersingkat langkah dalam melakukan berbagai aktivitas. Misalnya, jika Anda ingin membuka aplikasi namun layar dalam keadaan mati atau terkunci maka dapat menekan tombol Volume. Atau untuk meng capture layar dengan Capture+ Anda bisa menekan Volume Up sebanyak dua kali. Untuk membuka aplikasi kamera bisa tekan Volume kebawah sebanyak dua kali. Fitur menarik terakhir, adalah Smart Settings. Menu ini juga bisa ditemukan pada Settings > General. Pada menu, Anda akan menemukan berbagai pilihan, yakni At home, Away From Home, When earphones are plugged in, serta When Bluetooth device is connected. Adapun fitur tersebut memungkinkan Anda mematikan nyalakan, membuka hingga mengubah tipe dering, profil, dan sebagainya sesuai dengan lokasi serta kondisi Anda.